Федерация футбола Республики Хакасия была зарегистрирована 1 августа 1994 года, президентом избран Кульша Петр Алексеевич.

15 декабря 1995 года Федерация футбола Хакасии совместно с федерациями Красноярского края, Томской области выступила учередителем Межрегиональной общественной организации "Союз федераций футбола "Сибирь".

На очередной отчетно-выборной конференции 25 июня 2009 года председателем Федерации футбола Хакасии был избран Новосёлов Андрей Александрович.

С 11 января 2000 года является действительным членом Российского футбольного союза.

30 января 2011 года получено свидетельство о членстве в РФС за № СВ 19/10-Д.

В феврале 2011 года Региональная общественная организация "Федерация футбола Республики Хакасии" прошла очередную государственную аккредитацию.